农务学堂成立不久，矛盾就爆发出来。一边是热情高涨、接受过现代高等教育的美国教习，他们强烈要求张之洞重视学堂工作，拨给公地建设农事试验场以供学生实验之用，然而却一直没有下文；一边是因循守旧的总办和监督，他们不懂农业，而且从来不接见美国教习，一切信息都由收支员转达。
虽然布里尔和格里么这两位美国教习相当务实，然而他们却对中国传统文化却缺乏深入了解，尤其是对横行于大清帝国官场的潜规则更是一窍不通。直脾气的美国教习或多或少得罪了学堂监督，这对处处需要大清帝国官员支持的他们俩来说可并不是一件好事情。
可能因为监督背后说坏话的原因，在来到武昌之后很长的一段时间内，张之洞本人并没有召见布里尔来共同探讨对农业及农业教育的看法。对此，布里尔很是郁闷，很多次在写给未婚妻的信件中抱怨来武昌很长时间却没有受到总督的召见，无法施展拳脚，计划辞职回国。
刚刚开办不久的学堂就陷入如此沉闷的境地，这显然与张之洞对农务学堂的设想相距甚远，因此，物色新的学堂负责人和洋教习就成为极为紧迫的任务。
对于张之洞来讲，与其和直言不讳顶撞上司的美国人打交道，还不如和懂得中国人为人处世哲学的日本人打交道来得更舒心些。因此，他将寻找教习的目光投向了一衣带水的东洋，由带学生赴日本留学的钱恂负责商洽，以每人300元月薪的待遇聘请到了美代清彦、吉田永二郎、峰村喜藏及中西留应等4位农学士。其中，美代清彦和吉田永二郎教农学，峰村喜藏和中西留应教蚕学。他们于光绪26年（1900年）初抵达武昌，投入农务学堂的教学工作中。这4位日本教习和随后到校的其他13位日本教习在鄂多年，为中日交流及湖北的农业教育做出了巨大贡献。
当时的湖北农务学堂并没有中文的农学教材，加之日汉语言不通，农务学堂便从大清帝国留日学生中选聘了汪有龄、金棠、徐传笃、唐宝锷等4人担任日语译员。
日本教习上任之后，总办和监督的官僚风气依旧不改，相反的，由于发现部分译员和学生有从事革命活动的嫌疑，监督十分惊恐，甚至多次请求张之洞停办农务学堂。不过，张之洞认为“国家经费及学子光阴均当矜惜”，不同意停办学堂。解决之道，就是更换学堂负责人。这时，张之洞想到了远在上海办报的罗振玉。
青年罗振玉
彼时，未来将成为国学大师的罗振玉深受甲午战败的震动，认为只有学习西方才能增强国力，于是潜心研究中西农业，并与蒋伯斧于1896年在上海创立“学农社”，并设“农报馆”，创办《农学报》，专门译述欧美日本农书。1898年，他又在上海创立“东文学社”，教授日文，王国维便是东文学社诸生中的佼佼者。也正是在此时，罗振玉和日本人的接触逐渐多了起来。
刊载湖北农务学堂建设情况的清代《农学报》，原文为“鄂省创设农业学堂.现委员购地以便兴工.绘呈地图.张香帅甚合意.惟其地距督署稍远.必俟将来马路筑成.往来始便云.”（原件保存于华中农业大学校史文化研究中心）
当时，罗振玉正在上海出版一套大型的《农学丛书》，但因出版计划不周，没过多久就陷入了债务危机。不过，天无绝人之路，张之洞此时向他发出邀请，希望他能到湖北武昌工作，出任湖北农务局总理兼农务学堂监督。
罗振玉主编的《农学丛书》（原件保存于华中农业大学校史文化研究中心）
为了免除罗振玉的后顾之忧，张之洞替还特意替他偿还了出版《农学丛书》欠下的5000元债务。1900年秋，罗振玉乘船从上海出发来到武昌，《农学报》和《农学丛书》的编辑工作也随之转来。
在面见张之洞的第二天，罗振玉就到农务学堂视事。经过一段时间的暗中观察和走访，罗振玉发现农务学堂五点弊端：一是农桑两科学生一共70多人，未免太少，而译员却有4人，未免过多；二是总办与监督仍然不和日本教习会面商讨教务，一切仍是由收支员转达；三是用人不当，总办六十多岁，“议论极奇诡”，收支员谈吐低俗，甚至还有人挂名支薪；四是4名日语译员半数是革命党，导致有5名学生和他们来往甚密；五是译员为掩护其革命活动，贿赂提调删除一年级的日语课程，使学生上课必须依赖日语译员。
王国维（左）与罗振玉
针对这些问题，罗振玉认真进行整顿，他允许日本教习直接向他提出意见；解聘译员徐传笃与唐宝锷，从上海东文学社另外聘请王国维与樊炳清担任译员，并且计划未来不用译员，令学生直接听讲；惩处有革命嫌疑的学生，以“举止诡异、与译员过从甚密”为由开除了5名学生。这5名学生其中之一，就是辛亥革命史中大名鼎鼎的曹亚伯。（版权所有 请勿转载）
